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霍普金斯先生还认为，水平面极其宽广的沉积层不太可能被全部损毁。然而所有的地质学家，只有小部分人认为如今的变质片岩与深成岩曾经构成地球的原核，其他的都认为深成岩外部的大片范围已被侵蚀。因为这种岩石在表层没有的情况下，不太容易凝固与结晶；不过，变质作用若出现在海洋的深处，那么岩石之前的保护性表层可能不是太厚。如此，若认为片麻岩、云母片岩、花岗岩、闪长岩等一定曾经被掩埋起来过，则对于地球上不少地方的这种岩石的大片区域都已经暴露在外面，只能解释为它们的被覆层已被全部侵蚀掉了。毋庸置疑的是这种岩石在大范围内都存在：依据洪堡的描绘，巴赖姆的花岗岩范围，起码是瑞士的20倍。在亚马孙河南面，布埃曾经划出一片由花岗岩组成的区域，其范围相当于西班牙、法国、意大利、德国的一部分加上英国诸岛的面积的总和。
这一地区还未被细致地加以探查，但是依据旅行家们提出的所有证据，都证明花岗岩的范围是相当大的，比如，冯埃虚维格曾经详实地绘制了此类岩石的区域图，它由里约热内卢伸展至内地，成为一条直线，全长达260地理的英里；我沿着另外一个方位行走过150英里，所见到的都是花岗岩，其中大量标本是顺着由里约热内卢至普拉他河口的所有海岸（全程1，100地理的英里）收集到的，我研究过它们，它们全是此类岩石。
顺着普拉他河北面的所有大陆，我发现大部分属于近代的第三纪层，仅有很少数是轻度变质岩，这或许是唯一构成花岗岩系的部分初始被覆物的岩石。下面我来说说大家比较熟悉的一些地方，比如美国与加拿大，我曾经按照罗杰斯教授的精致地图所标出的，将其剪下来，并且测算剪下图纸的重量，得出这样的结果：变质岩（不包括半变质岩）与花岗岩的比例为19：12.5，两者的面积比整个较新的古生代地质层的面积还要大。在好多地区，若将所有不整合地覆盖在变质岩与花岗岩上方的沉积层弄掉，那么变质岩与花岗岩比我们从外表上所看到的还要延展得辽远，而沉积层原本无法产生结晶花岗岩的初始覆盖物。所以，在世界上的某些地区的整个地质层或许已经全部被磨损掉了，却未留有丝毫痕迹。
另外稍需注意的是，在上升过程中，大陆面积和邻接的海的浅滩面积将会增加，并且往往会有新的生物生活场所产生：上面已谈到过，那里的所有环境条件对于新变种和新种的出现是有好处的；然而这样的时期在地质记录上通常没有。另外一方面，在下陷时期，生物散布的范围与生物的数量将会变少（除去最先分裂成群岛的大陆海岸），这样，在下陷时期，尽管会出现生物的大量灭绝，然而少部分新变种或新物种却会产生；并且也是在此下陷时期，含丰富化石的沉积物也将被垒积起来。
任何一个地质层中众多中间变种的缺乏
依据上面的这些研究，可以了解从总体上看地质记录，必定是很不完整的。然而，若将我们的精力仅限于任意一类地质层上，我们便会更加难以理解为何一直生活在这个地质层中的相似物种之间，没有看到紧密级进的各种变种。相同的物种在相同地质层的上面与下面出现某些变种，这种情况曾被记录过；特劳希勒得所列举的关于菊石的不少例子便是如此；又如喜干道夫曾提到过某种极奇怪的现象--在瑞士淡水沉积物的连续诸层中存在着复形扁卷螺的十个级进的类别。尽管各地质层的沉积毫无争议地要花相当长的时间，还能够列举出很多缘由来阐明为何在每个地质层中一般不含有一条级进的连锁系列，处于一直在那里生活的物种之间；但我对于如下的理由还不能适宜进行相应的评论。
尽管各地质层能够代表一个长时期的过程，但与一个物种变成另一个物种所花费的时间相比，或许还要短一些。两位古生物学者勃龙和伍德沃德曾经推测说，诸地质层的平均存续时期是物种的类别的平均存续时期的三倍或四倍。我认为其观点尽管很值得尊重，然而，依我看，好像存在很多无法克服的困难，阻挠我们从这种观点中得出任何合适的结论。当我们发现某个物种起初出现在任何地质层的正中心时，就会相当草率地去推断它之前不曾存在于别的地方。还有，如果我们见到某个物种在某个沉积层的最后部分产生之前就消失了，就会同样草率地去假设这个物种在那个时候已经灭绝了。我们没有想起同世界的其他部分相比，欧洲的面积是多么的小；而整个欧洲的相同地质层的几个阶段也并非都是肯定有关的。
我们能够有把握地推断，所有种类的海产动物都曾因为气候级别的改变，进行过大规模的迁移；如果我们见到某个物种最早出现在某个地质层中时，这个区域可能就是这个物种在当时首次迁移的地方。比如，大家都知道，很多物种在北美洲古生代层中出现的时间早于在欧洲相同地层中出现的时间；这明显是因为它们需要一段时间从美洲的海中迁徙到欧洲的海中。在研究地球上各个地方的最近沉积物时，处处都可发现一小部分到现在仍然存在的物种在沉积物中尽管十分普通，然而在四周邻接的海中却已看不到，或者，与此相反，某些物种尽管目前在四周邻接的海中十分繁多，然而在这一特别的沉积物中却是仅有的。
对欧洲冰期内（这仅仅是整个地质学时期的一小段）的生物的确切的迁移量进行一下研究；同时对在此冰期内的海陆沧桑的改变，气候的巨大改变和时间的漫长经过进行一下研究，会是最有益的一课。但是，在地球上的任何地方，含有化石遗骸的沉积层，曾经有没有在此冰期的全部时期连续在相同范围内进行垒积，是值得怀疑的。比如，密西西比河口的近旁，在海产动物最繁茂的深度范围之内，沉积物或许并非是在冰期的整个时期内接连垒积起来的：因为我们清楚，在此时期内，重大的地理变化曾经在美洲的别的区域发生过。在密西西比河口近旁浅水中在冰期的某一段时期内沉积而成的这种地层，在上升时期，生物的遗骸因为物种的迁移及地理的改变，可能会最早出现和消逝在不一样的水平面中。在很久以后，倘若有一位地质学者考查这种地层，或许要试作如下的结论：掩埋在那里的化石生物的平均持续时间短于冰期，但事实上大大长于冰期，即它们从冰期之前一直持续至今。
倘若沉积物能在长时间内连续进行垒积，而且在这时期内有充足的时间进行徐缓的变异过程，那么此时，才可以在相同地质层的上端和下端出现介乎两个类型之间的完全级进的系列；所以，这堆积物必定是相当厚的，而且进行着变异的物种必定是一直都在相同范围内生活的。然而，我们已经了解，一个厚的并全都包含化石的地质层，唯有在下陷时期才能垒积起来；而且沉积物的供应量一定要与沉陷量近乎均衡，让海水深度基本维持一致，这样才能使同一类海产物种生活在同一范围内；然而，这种沉陷运动有让产生沉积物的地面沉浸在水中的趋向，因此，在沉陷运动持续发生的时候，就会减低沉积物的供应量。实际上，沉积物的供应量与沉陷量之间要达到完全近乎均衡，或许是一种极其少见的偶然事情：因为不单只有一个古生物学者发现在特别厚的沉积物中，仅在其上端和下端的区域附近有生物遗骸，而别的区域一般是没有的。
每个单个的地质层，也相似于任何地方的全部地质层，其垒积通常是间断的。如果见到并且确实可以经常见到，一个地质层由差别相当大的矿物层组成时，我们能够正确地去假设沉积过程多多少少曾经是中断过的。尽管特别细致地研究一个地质层，然而有关这个地质层的沉积所消耗的时间，我们却无法获得任何概念。众多事例说明，只有数英尺厚的岩层，却相当于别的区域数千英尺厚的、从而在垒积上要耗费相当长时间的地层。如果没有注意到这种情况，就会对如此薄的地质层竟可以表现漫长时间的过程产生怀疑。此外，某个地质层的下层在抬高后，被侵蚀、再沉陷，接着被相同地质层的上层所遮盖，这样的例子也相当多。这些情况证明，在其垒积时期内有多么长久而易于被人忽略的间隔时期。
在别的一些现象中，巨大的化石树仍然如同当年生长时那样地直立着，这显著地说明了，在沉积的经过中，存在很多长的间隔时期和水平面的改变，倘没有这些被保留下来的树木，或许想象不出时间的间隔及水平面的变化。比如，菜尔爵士与道森博士曾经在新斯科舍发现过厚达1，400英尺的石炭纪层，它包含着古代树根的层次，相互垒叠，有68个以上不一样的水平面。所以，倘若相同物种在某个地质层的下面、中间和上面都存在，或许是这个物种在沉积的整个时期没有在相同地方生活，而是曾经在相同地质时代内历经数度的绝迹与再现。因此，假如此物种在任意一个地质层的沉积时期内有明显的变异，那么这一地质层的某一个地方不会包含我们理论上确实存在的所有微小的中间级进，而仅仅是包含忽然的、尽管或许是细微的、改变的类型。
最要紧的是要记住，博物学家们没有不可动摇的标准来对物种和变种进行区分；他们承认不同物种之间都存在微小的变异性，然而如果他们碰到任意两个差异量略微大一点的类型时，却没有最紧密的中间级进来联系它们，就会认为这两个类型是物种；按照上述理由，我们无法期望在任意一个地质的断面中都发现此种联系。假如B和C是两个物种，并且假设在下面较古的地层中看到了第三个物种A：在此情况中，即便A严格地处于B和C之间，如果它不能同时被一些十分紧密的中间变种与B和C之中的任意一个类型或者两个类型相连接，A通常便会被归为第三个不一样的物种。请注意，像前面所阐述的，A或许是B与C的真实的原始祖先，然而并不非得在每个方面都严明地介于二者之间。因此，我们或许可以在同一个地质层的下部及上部中获得亲种与其很多变异了的后代，然而倘若我们并未同时获得大量的过渡级进，我们将辨认不清其血统关系，因此就会将它们归为不同的物种。
大家都知道，很多古生物学家们是依据多么细微的差别来对他们的物种进行区分的。倘若这些标本不是来自相同地质层的同一个层次，他们将毫不迟疑地把它们归为不同的物种。一些有经验的贝类学家，如今已将多比内和其他学者所确定的诸多极完全的物种归为变种了。而且依据此种看法，我们的确可以看到根据这一学说所应该见到的那类改变的证据。