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此外，正如麦克唐纳博士曾经阐述的，在鹞鱼体内，除了上述的器官之外，在靠近头部的地方还长有另外一个器官，虽然我们清楚地知道它本身并不带电，但是它应该是与电■的发电器真正同源的器官。普遍认为，不论是在内部构造方面、神经分布方面，还是对种种试药的反应状态方面，这些器官与一般的肌肉之间全部是紧密相似的。还有一点需要我们特殊重视的是，伴随着放电发生的一定是肌肉的收缩，“看上去电■的发电器官在静止时充电的情形和肌肉与神经在静止时充电的情形非常类似，电■的放电可能也只是肌肉和运动神经在运动时放电的一种形式罢了，其实毫无特殊之处”。到目前为止，我们还没有除此之外的阐释；可是由于我们还不是很清楚生存到现在的电鱼始祖的习性和构造，而且对这种器官的作用也知之甚少，如果认为不存在有用的过渡各级来逐渐完善这些器官发展的可能性，这样的观点就未免过于大胆了。
最初我们认为，似乎另外一个更难的问题在这些器官上体现出来，因为在大约十二个种类的鱼体内发现了发电器官，并且有几个种类的鱼还有着相差极远的亲缘关系。假如在同一纲中的一些成员体内发现相同器官，尤其是这些成员的生活习性都大相径庭的时候，一般我们认定是由于共同祖先的遗传而导致了这个器官的存在；而由于不使用或者自然选择的原因，有些成员就会失去这一器官。因此，假如某一远古祖先遗传下来了发电器官，我们也许会认为有特别的亲缘关系存在于所有的电鱼之间了，但事实上并不是这样。大部分鱼类以前有过发电器官这一论点也不能在地质学上得到完全的证实，而现在失去发电器官的只是这些鱼类变异了的后代。
在我们对这一问题进行更深入的观察时发现，不同鱼类的发电器官的生长部位不同，其构造也不尽相同，就像电板的排列法，根据巴西尼的观点，不一样的还有发电的过程或方法，所有不一样中最重要的也就是最后一点了，就是发电器官的神经来源也不一样。所以，这些鱼类虽然具备发电器官，但是不能认为这种器官是同源的，只是其在机能上是相同的。那么，我们就没有了假设它们是由同一祖先承传下来的理由了，因为拥有同一个祖先意味着它们在所有方面都是紧密相似的。那么，有关实质上由几个亲缘距离极远的物种形成发展起来，但是表面上一样的器官这一疑难点就被克服了，但是一个次要但仍然重要的难点却显现出来，那就是这种器官是通过怎样的分极步骤形成在不同种群的鱼类中的。
我们目前的知识还很不全面，属于很不同科的一些昆虫给了我们一个和发电器官差不多难度的知识点，即在它们体内我们能见到处于身体不同部位的发光器官。但是还有另外一种类似的情况，比如在植物体内有一种很奇特的装置，对红门兰属和马利筋属自然都是一样的，即花粉块长在具有黏液腺的柄上。之所以据这两个属，是因为这两个属在显花植物中的关系距离最远；而且这些部分也不是同源的。长有近似的器官和特殊器官的一切生物，尽管清楚地知道它们在体制系统中相距很远，而且这些器官的技能和普通外观相同，但是我们会发现它们之间存在的根本差别。举例来说，从外表上看，头足类或乌贼的眼睛与脊椎动物的眼睛极其相似，但是我们不能认为在系统中相距如此远的两个类群的相像是由于同一祖先的遗传。虽然米伐特先生曾经提出这种情况是一个特殊难点，但是他的论点的力量没有被体现出来。任何的视觉器官一定要具有某种晶状体，而且一定要是有透明组织形成的，这样才可以使影像投射到暗室的后方。
汉生有关头足类的这类器官的报告是很有价值的，我们通过参考得出了这样一个结论，即乌贼的眼睛与脊椎动物的眼睛除了表面上看起来相像之外，似乎没有真正相同的地方。在这里我只说明几点不一样的地方，但是不进行详细的讨论。高级乌贼的晶状体由两个部分组成，二者在构造和位置方面与脊椎动物的完全不一样，而是像两个前后排列的透镜一样。视网膜主要部分是完全颠倒的，与脊椎动物的不一样，而且有一个大型的神经节在其眼膜内。肌肉间的关系也有很大的区别，其他部分也如此。
所以，在描绘头足类与脊椎动物的眼睛时的困难是很大的，因为要考虑到相同的术语能够应用的程度。固然，二者的眼睛是接连不断的、细微的变异的自然选择的结果这一论点，人人都能随意地加以否认。可是，倘若承认在一种情形中出现了这个形成过程，那么就可以清楚地确定这个过程在另一种情形中存在的可能性；假设它们是以这样的方法产生，那么我们就能够预测出这两个群的视觉器官在构造上的根本差别。在上面谈到的几种情况下，为了生物的一切利益，自然选择总是利用各种有利的变异工作着，于是在不同的生物体里，出现了机能相同的器官，但是其相同的构造却不是因为共同祖先的遗传，就像同样的一件发明有时可能被两个人独立地得到一样。
为了论证本书所得出的论点，弗里茨·米勒很审慎地进行了大致相同的讨论。少数的几种甲壳动物科物种，长有适合在水外生存的能够呼吸空气的器官，米勒特别细心地考察了关系十分相近的两个科，它们的各物种的所有重要性状也都非常一致：比如它们的感觉器官、循环系统、复杂的胃里的丛毛的位置，还有营水呼吸的鳃的构造，就连用于清洁鳃的很小的钩都完全一致。所以，我们能够想象得到，对于少部分属于这两个科的在陆地生活的物种，呼吸空气的器官的重要性理应是相同的；那是因为，既然别的重要器官都非常相同或是紧密类似，为什么会把处于同一种目的的这一种器官创造得不一样呢？
按照我的看法，米勒认为一定要用从一个相同祖先的遗传而来这一根据才可以解释构造上如此多方面的紧密近似的原因，然而，与大多数的别的甲壳动物一样的是，米勒研究的这两个科的大部分物种是水栖习性的，因此假设其共同祖先曾适合于呼吸空气，自然是没有什么可能的。所以，米勒细致地检查了呼吸空气的物种的这种器官后发现，在某些重要方面，比如呼吸孔开闭的方法、位置以及其他的一些附属构造，各物种的这种器官都是有差异的。在假设属于不同科的物种能够逐渐地变得适合于水外生活与呼吸空气的前提下，我们可以理解那种差别，甚至能够预测。因为，依据变异的性质由两个要素即生物的本性与环境的性质决定的原理，这些不属于相同科的物种，存在某种程度上的差异，那么其变异性也就不会全部一样。这样，为了使获得的机能相同，自然选择就必须对不同的材料也就是变异上进行改变；那么获得的构造几乎是互不相同的就成为了一种必然。如果假设是各自创造作用的结果，那一切情况就不能被理解了。好像这样的讨论思路在很大程度上促使米勒同意我在此书中所提出的论点。
已故的克莱巴里得教授也是一位著名的动物学家，曾提出过同样的看法，且得到相同的结果。他明确说，归属不同亚科和科的寄生性螨，都长着毛钩。因为不能够从一个相同祖先承传下来，所以这样的器官一定是各自形成的；在不同的群里，形成方式也是不同的，或由前腿变化而来，或由后腿变化而来，或由下颚或唇变化而来，或是由身体后部下端的附肢变化而形成。
这样一来，在仅仅存在疏远亲缘关系抑或完全没有亲缘关系的生物中，我们可以找到发展不一样但是外貌紧密相像的器官，其所得到的结果和所发挥的机能是相同的。从另一方面来说，即便在紧密相似的生物中，我们也能够通过多种多样的方法获得同样的结果，这是一个贯穿于自然界的共同规律。在构造上，鸟儿长着羽毛的翅膀和蝙蝠长膜的翅膀是完全迥异的；苍蝇的两个翅、甲虫的两个鞘翅与蝴蝶的四个翅，更是有着很大的差别。双壳类的壳生来就能开闭，然而两壳铰合的样式极其丰富，由贻贝的简单的韧带到胡桃蛤的长行错综复杂的齿的排列我们就可以看出来。
种子的传播方式也因为其形状和构造的不同而有所不同，有的是因长得细微；有的是塑变成体积比较轻的气球状被膜；有的是靠吸引鸟类吃掉它们来传播，因为它们可以将本身隐藏于果肉里面，这些果肉由各种不同的部分构成、富含养料，并且具有鲜艳的色泽；有的长着各种各样的锚状物和钩或是锯齿状的芒，可以附着在走兽的毛皮上；有的微风吹过就可以飞扬，因为它们长着构造巧妙和形状各异的毛和翅。用极其繁多的方法得到同样的结果的论点是我们特别应该注意的，所以我另举一例加以说明。有的作者的自然观是不可以相信的，因为他们认为，生物由多种方法形成，就像店里的玩具，只是为了花样。有些植物的受精作用需要一些外力才能够完成，例如雌雄同株而花粉不能够自然地撒落到柱头上的植物，再比如雌雄异株的植物。这样完成的受精中，我们可以想象得到的最简易的方法是：花粉粒的体积轻且形状较为松散，有机会在被风吹的时候撒落在柱头上。在众多植物中还有一种大不一样但几乎同样简易的办法，那就是让昆虫从花药将花粉携带至柱头上面，因为在那里对称花可以分泌出少许的花蜜，这样就能吸引昆虫来采蜜。
由这样简易的方面入手，我们可以发现，为了同样的目的，大量的装置导致了花的不同部分的改变，而且是以实质相同的方式发挥作用。它们雄蕊和雌蕊的变化可以多种多样，有时会由于弹性或刺激而进行奇妙的适应活动，有时候形成类似陷阱状的装置，这样这种形状的花托就能够贮藏花蜜。就连克鲁格博士最近描绘过的盔兰属那样特殊适应的例子，也可以由此种构造解释。这类兰科植物的唇瓣上面长有两个角状体，分泌出几乎纯粹的水滴，接连不断地滴落在由其下唇的一部分向内凹陷形成的一个大水桶内；当这个水桶处于半满状态的时候，一边的出口就会把水溢出。水桶的上面正好是凹陷成一个腔室的唇瓣底部，出入口位于两侧；而且有奇妙的肉质棱在腔室里面。如果不是亲眼所见，即使再聪明的人也不会知道那里发生了什么情况，而且永远也想象不到这些部分有什么作用。
但克鲁格博士发现，一群群的大个土蜂拜访这种兰科植物巨大的花朵的目的并非是吸食花蜜，而是咬吃腔室内的肉质棱；然而它们争相咬吃的时候，经常因为相互碰撞而掉进水桶里，翅膀被浸湿，因而不能够再飞起来，所以只能顺着那个由出水口或者溢出来的水冲刷成的小沟爬出来。克鲁格博士发现，经过不情愿的洗澡后，接连不断的土蜂就这样爬了出去。那小沟的上面盖着雌雄合蕊的柱体，而且又窄又小，所以土蜂爬出去时很费劲，而且它的背要先擦着胶黏的柱头，而后还要擦着花粉块的黏腺。因此，当土蜂从刚刚开放的花的那条小路爬过时，背上面就会粘上花粉块带走。我收到克鲁格博士寄来的一朵浸在酒精里的花和一只蜂，蜂的背上还粘着花粉块，它是在还未最后爬离出去的时候死的。蜂带着花粉飞到另一朵花上去，抑或再飞回到同一朵花上面，而且又在与同伴的拥挤中掉进水桶中，而后从那条小路爬离出去，此时，背上的花粉块最先接触到胶黏的柱头，而且粘附在柱头上，那朵花的受精过程便完成了。到此，花的各个组成部分的最大用处我们已经知道了，为了防止蜂飞走，迫使它们由出口处爬出来，而且使它们与长在适当地方上的胶黏的花粉块与胶黏的柱头擦着，便形成了分泌水的角状体和半满水桶。
另一种花的构造也是同样奇特巧妙的，这种兰科植物叫做须蕊柱，亲缘关系也比较密切，但是目的是一样的，同访问盔唇花的花一样，蜂也是为了咬吃唇瓣才来的；在它们咬吃唇瓣的时候，免不了要接触到我称之为触角的突出物，那是一条长长的、细尖的、存在感觉的物体。蜂接触到触角的时候，触角就会立即传出某种感觉振动到一种皮膜上，促使皮膜开裂，并释放出能将花粉块像箭似的弹射出去的一种力量，这种力量恰恰可以让胶黏的一头粘贴在蜂背上面。这种雌雄异株的兰科植物雄株的花粉块就被携至雌株的花上，雌株的柱头是黏的，而且其黏性完全可以裂断弹性丝，这样就可以留下花粉，其受精作用也就完成了。