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之所以难以区别变异的物种，主要是因为变种与同属其他物种的相似性。此外，介于两种类型之间的类型有很多，并且处于两端的类型本身能否作为物种，我们也不得而知。如果我们不把所有密切近似类型看做独立创造的物种，那么上述情况就表明在变异中它们已经得到了其他类型的若干性状。然而相似变异的最好证明还在于通常具备稳定性状的部分或器官，只不过它们会不时发生一些变异，导致某种程度上和近似物种的同部分或同器官类似。我搜集到许多相关事例。然而跟先前一样，我很难在文中一一列举。因而我只能不断重复，这类情况确实存在，并且值得注意。
接下来我要举一个所有重要性状全都不受影响的复杂且奇特的例子，它发生在家养或者自然状态下的某些同属物种之中--一部分是在家养状况下发生的，一部分是在自然状况下发生的。基本上可以断定这个例子是一种返祖现象。驴的腿上有时明显会有与斑马腿上相似的横条纹，有人认为幼驴腿上的条纹最明显，据我考察得出，这个结论是确实可靠的。有时驴肩上的条纹是成对的，条纹的长度和形状均易发生变异。曾有人描述过一头白驴（并非白肤症）的脊上和肩上没有条纹：在深色驴子中，这种条纹也不明显，甚至实际上已经消失。有人说由帕拉斯命名的驴的肩上有双重条纹。布莱斯先生曾在一头野驴的标本上看到一条明显的肩条纹，然而它本应该是没有的；普尔上校曾告诉我，这个物种的幼驴的腿部通常都长有条纹，但肩条纹却是十分模糊的。斑驴体上长有与斑马相似的明显条纹，然而腿上却没有；但在格雷博士所绘标本图上，极清晰的斑马状条纹出现在后脚踝关节处。
我在英国搜集了许多关于马的例子，这些马品种大不相同、颜色各异，但它们脊上均生有条纹：暗褐色与鼠褐色的马通常在腿上生有横条纹，栗色马也有一例；暗褐色的马，有时在肩上呈现不十分明显的条纹，我还见过一匹带有肩条纹的赤褐色马。我儿子曾对一匹暗褐色的比利时驾车马仔细观察，并为我描绘说在其两肩和腿部都生有条纹；我也曾亲眼见过一匹暗褐色的德文郡矮种马，其两肩各长有三条平行条纹，有人告诉我，有匹小形的韦尔什矮种马的肩上也出现这种现象。
印度西北部的凯替华品种的马，普遍都有条纹。普尔上校曾替印度政府检查过这个品种，标准是，不具备条纹的马就不是纯种马。它们的脊上、腿上均长有条纹，肩上的条纹也十分常见，有时是双重，有时甚至是三重；甚至脸的侧面有时也有条纹。条纹往往在幼时最明显，在老马身上有时甚至完全消失。普尔上校见过灰色和赤褐色的凯替华马，初生时都有条纹。根据W.W.爱德华先生给我的材料，我可以推测，英国赛跑马脊上的条纹，在马幼时比成长后来得多。最近我养了一匹小马，它是由一匹赤褐色雌马（是东土耳其马和佛兰德雌马所生）与一匹赤褐色的英国赛跑马杂交所生。这幼驹刚满一周岁时，它的臀部和前额长出很多极狭的暗色条纹，类似于斑马纹，但它的腿部仅有极少量条纹，但很快这些条纹就全部消失了。我不想再详细说明，但可以说我搜集到的许多事例都表明，不同地方的各品种马的腿和肩上都生有条纹，西自英国，东至中国，北到挪威，南及马来群岛，都是这样。在全世界，长有条纹的以暗褐色与鼠褐色的马为常见：暗褐色包括颜色范围很广，自介于黑色与褐色之间的颜色起，直至接近淡黄色为止。
史密斯上校曾就上述问题写过文章，他相信马的某些品种是从一些原种传下来的，这些原种包括一种暗褐色的且有条纹的马，并且他相信上述的现象是由古代与暗褐色的原种杂交引起的。然而我们完全可以反驳这个观点，因为如壮硕的比利时驾车马，挪威矮脚马，韦尔什杂种马，瘦长的凯特华马等，均生存在世界上相隔很远的地方，如果说它们都曾和某个假设的原种杂交，事实上似乎不太可能。
现在让我们来谈一谈马属中几个物种的杂交效果。罗林认为驴与马杂交所生的骡子，一般腿上都极易长有条纹。照戈斯先生所讲，美国一些地方的骡子，十有八九腿部长有条纹。我曾见过一匹骡子，腿上条纹很多，足以令人以为它是斑马的杂种。在W.C.马丁先生一篇关于马的优秀论文中，绘有一幅与上述情况相似的骡子图。在我曾见过的四张驴与斑马的杂种的彩色图中，相较于身体其他部位，它们腿上的条纹更加明显，而且其中一图中马肩上长有双重条纹。
莫顿爵士养了一只有名的杂交种，是栗色雌马与雄斑驴所生，它与后来这栗色雌马和黑色亚拉伯马所繁育的纯种后代，腿部的横条纹都比纯种斑驴明显。此外，还有一个不错的例子，格雷博士曾绘制过驴子与野驴所育杂交种的图（据他所说，他还知道另一个相同例子）。驴的腿上有时会长有条纹，但野驴腿上没有条纹，它们肩上也并不长条纹，可是它们的杂交种的四肢上却长有条纹，而且跟暗褐色的德文郡马与韦尔什马生产的杂交种类似，在肩上有三条短的条纹，并且面部两侧也有一些条纹是斑马状的。我确信不可能有一条带色条纹是像通常所说的出于偶然而产生的，所以，我就面部生有条纹这一现象询问过普尔上校：条纹明显的凯特华马是否也曾有面部的条纹。如前所述，他给予了肯定的回答。
我们要如何解释这些事实呢？马属中几个不同品种，经过简单变异，可以在腿上长出斑马纹，或者在肩上长出和驴相似的条纹。我们可看到，在马中，当接近该属其他物种所具有的颜色的暗褐色出现时，这种倾向表现得最强。条纹的出现，并不会引起形态上的任何变化或其他任何新特性；我们可看到，条纹出现的倾向，在不同物种相互杂交所产生的种中最明显。有这么几个鸽的品种，它们均是传自具有一些条纹及其他标志的某种浅蓝色鸽子（含有两三个亚种或是地方族）。假如鸽子的任何品种经过简单的变异变为浅蓝色时，一定会在所生的杂交种中重现这些条纹与其他标志，但它们的形态或性状不会改变。
在最原始和纯粹的颜色不同的品种杂交时，所生的杂交种就会呈现十分明显的重现蓝色条纹及其他标志的倾向。我以前认为，这种古老性状再现的合理解释，是假定每一连续世代的幼鸽，都有重现消失已久的性状的倾向，这种倾向，出于未知因素，有时占优势。就像刚才所说的一样，马属的某些物种中，往往幼马会比老马的条纹来得更明显普遍。假如将鸽品种中保持纯种特性百年的那些称为物种，与马属的某些物种相比较，我们会发现是何等的相似。我敢于回顾到千万代以前，有一种条纹如斑马一般的动物，但构造却很不相同，这就是现在的家养马（无论是由一个或多个野生原种所传下的）、驴、亚洲野驴、斑驴和斑马的共同祖先。
凡是相信马属的各个物种是被独立创造而来的人，必定会有这种主张，任何物种被创造出来时都带有一种，无论在自然条件下还是家养条件下，都有以这种特殊的方式进行变异的倾向，使得它往往和同属的其他物种一样长出条纹；另外任何物种被创造出来时都会带有一种强烈的倾向，使得它与生活在世界各地的物种进行杂交时产出的杂交种长有的条纹，与亲种相异，但却与该属的其他物种相似。我认为如果承认这种观点，不真实的或至少是不可知的原因就代替了真实的原因，同时使得上帝的工作变为模仿和欺骗了。如果接受这一观点，我就得相信，贝类化石从未生活过，只是从石头里被创造出来，以模仿在海边生活的贝类，然而这只是顽固守旧而又无知的天地创成论者们才会相信的。
提要
我们对于变异法则，仍是无知的。可能在一百个例子中只有一个，我们可以用来解释发生变异的原因。我们利用比较法就可以看出，不论是同种变种之间的小差异，还是同属物种间的大差异，同样都受到法则支配。外界条件的改变通常会诱发彷徨变异，但偶尔也会发生直接且一定的效果，并随着时间的变化更为强烈和明显，然而我们没有证明这一点的充分证据。习性在产生体质的特性上，无论是使用在强化器官上，还是使用在减弱和缩小器官上，往往都有强烈的效果。同源的部分，经常按照同一方式产生变异，并具有合生的倾向。有时，柔软的和内在的部分会因坚硬和外面的部分的改变而变化。特别发达的部分，带有向邻近部分吸取养料的趋势；可节约的部分，如果即便节约掉也无大碍，就将被节约掉。早期构造的变化常常会影响后来发育起来的部分；很多相关变异的例子，虽然我们仍无法理解其性质，但仍会发生。
重复部分的数量和构造都会发生变异，也许因为它们还没有受到一些特殊机能的影响而专业化，因此它们的变异不受自然选择支配。同样由于上述原因，低等生物相比高等生物来说更易变异，因为后者的整个体制已较为专业化。无用的残留器官不受自然选择的控制，因此也易变异。物种性状较之于属的性状更易变异，物种性状是指一些物种由共同祖先分出以后所呈现的不同性状，而遗传已久的属的性状在同一时期并未发生变异。这些情况都是针对到今天还在变异的特殊部分或器官来说的，因为在近代它们发生了变异并因此有所区别；但在第二章里，我们看到同样的原理也对所有个体适用；这是因为如果在某个区域内，发现某个属的许多物种--也就是说那里曾经发生过大量变异和分化，或者说曾十分活跃地产生新的物种类型--那么，平均来说，在那个地域内和这些物种中会出现非常多的变种。次级性征是高度变异的，并且在同群的物种里彼此间产生很大差异。
通常利用同一部分的变异性，可以产生同种两性间的次级性征上的差异，和某些同属物种彼此的种间差异。相较于近缘物种同一部分或器官，假如任何部分或器官已经异常发达，那么从该属产生以来它们一定已经经历了极多的异常变异；由此也不难解释它到现在还会产生比其他部分更大的变异的原因；由于变异是一种长期的、持续不断的、较为缓慢的过程，因此自然选择没有充裕时间来克服变异的倾向，以及抑制重现较少变异状态的倾向。然而，如果一个物种生有异常发达的器官，随之产生许多变异了的后代（这是一个长期的且极为缓慢的过程），那不管这个器官是通过怎样的方式而异常发达的，自然选择都会给予其固定的性状。向一个遗传了几乎与共同祖先同样体质的物种施加相似的作用，必定会有呈现相似变异的趋势，或者说它们有时会复现他们古老祖先具有的若干性状。虽然并非由于返祖和相似变异而产生了重要的新变异，然而这类变异在增加自然界的美妙和协调的多样性的过程中，也发挥了极大的作用。
不管后代与亲代间的每个轻微差异是何原因造成的（每一差异都必定有它的起因），我们可以相信：任何构造上，与习性相关联且较为重要的变异，都是有利变异逐步经过缓慢的积累出来的。